Как изменить геном с помощью CRISPR? Новый веб-сервер CRISPRimmunity поможет вам в этом

Ученые из Китайской академии наук разработали уникальную платформу анализа под названием CRISPRimmunity, которая позволяет изучать и прогнозировать важные молекулярные события, связанные с системами редактирования генома на основе CRISPR. Об этом сообщается в журнале Nucleic Acids Research.

CRISPR - это молекулярный инструмент, который может вырезать и вставлять участки ДНК в клетках. Это открывает огромные возможности для создания новых видов организмов, лечения наследственных заболеваний и борьбы с инфекциями. Однако CRISPR не работает одинако для всех видов клеток и может вызывать нежелательные мутации. Поэтому необходимо развивать новые подходы и регуляторы для улучшения эффективности и безопасности CRISPR.

Платформа CRISPRimmunity представляет собой интерактивный веб-сервер, который интегрирует различные базы данных и алгоритмы для анализа и прогнозирования систем CRISPR-Cas и анти-CRISPR. Системы CRISPR-Cas - это комплексы белков и РНК, которые обеспечивают редактирование генома. Анти-CRISPR - это белки, которые могут блокировать или регулировать действие CRISPR-Cas. Исходный код доступен на GitHub.

CRISPRimmunity позволяет определять известные и новые анти-CRISPR белки, системы класса II CRISPR-Cas, типы массивов CRISPR и другие параметры, которые влияют на работу CRISPR. Платформа также предоставляет эволюционную перспективу совместной эволюции систем CRISPR-Cas и анти-CRISPR.

CRISPRimmunity имеет высокую точность предсказания анти-CRISPR белков - 0.997 по сравнению с 99 экспериментально подтвержденными Acrs и 676 не-Acrs. Кроме того, платформа способна выявлять новые локусы класса II CRISPR-Cas, включая несколько ранее неизвестных белков с различной активностью in vitro.

CRISPRimmunity является простым в использовании веб-сервером, который доступен для пользователей всех уровней. Он предлагает различные варианты визуализации и настройки результатов, а также руководства по использованию. База данных NCBI дает доступ к аннотированным данным о бактериях и микроорганизмах человеческого кишечника, содержащих информацию о ключевых молекулярных событиях, связанных с CRISPR. Для вычислительных биологов также доступна автономная версия CRISPRimmunity на Github для массового анализа данных.